Druga połowa XVI i początek XVII wieku zaznaczyły się w Wieliczce upadkiem ekonomicznym, a także religijnym i moralnym. Aby temu zapobiec, w 1623 roku radni miasta i zarząd salin wnieśli prośbę do nowo uformowanej grupy zreformowanych Franciszkanów, by osiedlili się w Wieliczce.
Fundację w Wieliczce przyjęto w 1623 r. Znaczne sumy na budowę kościoła przeznaczył król Zygmunt III z dochodów miejscowej kopalni soli. W r. 1626 sufragan krakowski bp Mikołaj Lipnicki dopełnił konsekracji świątyni. W latach 1650-55 z funduszów żupnika wielickiego Sebastiana Koszuckiego stanął murowany klasztor. Kościół w Wieliczce był pierwszą murowana świątynią reformacką w Polsce i niewątpliwie jako wzorcowy wpłynął na nowo powstające kościoły, szczególnie w prowincji małopolskiej. Dnia 2 kwietnia 1718 r. spłonęły budynki klasztorne i kościół. Z ofiar różnych dobrodziejów oraz z jałmużn zebranych w pozostałych kościołach reformackich już w 1721r. Odbudowano je na nowo. Konsekracji świątyni dokonał 28 sierpnia 1721 r. biskup kijowski Jan Tarło. Wyposażenie wnętrza pochodzi z pol. XVIII w. i jest w większości dziełem zespołu braci zakonnych, stolarzy i snycerzy.
W 1878 roku próbowano utworzyć przy klasztorze parafię, ale ostatecznie do tego nie doszło. Od 1899 roku, na skutek połączenia prowincji Bernardynów i Reformatów, klasztor w Wieliczce przez 12 lat należał do nowej prowincji Niepokalanego Poczęcia NMP. W związku z tym nowicjat dla kandydatów do kapłaństwa przeniesiono do klasztoru w Leżajsku, a na miejscu pozostał nowicjat tylko dla braci. Pierwsza wojna światowa przyniosła klasztorowi duże straty. W 1915 roku do miasta wkroczyły wojska rosyjskie, które zajęły niemal cały klasztor, czyniąc z niego punkt zaopatrzeniowy dla wojska. W czasie walk spadło na klasztor kilka pocisków armatnich, które poważnie uszkodziły dachy. Jeden z pocisków wpadł do kaplicy Pana Jezusa Miłosiernego, zabijając dwie osoby i jedną raniąc. W czasie walk okoliczna ludność tłumnie chroniła się zarówno w kościele, jak i w klasztorze. W opiece nad ofiarami wojny szczególnie odznaczyli się: ojciec gwardian Walenty Starmach i Sługa Boży Alojzy Kosiba. Po odstąpieniu Rosjan klasztor zajęła znowu armia austriacka, która zarekwirowała cały inwentarz i żywność, a w klasztorze umieściła generalną pralnię dla , stacjonującego wojska. Po wojnie, już w odrodzonej ojczyźnie, życie w klasztorze było coraz bardziej ustabilizowane. Ponieważ brakowało miejsca w dotychczasowym nowicjacie, w latach 1927-1928 do strony zachodniej gmachu klasztornego dobudowano nowy dwupiętrowy budynek. W 1928 r. pokryto kościół polichromią według projektu Jana Bukowskiego, a także pomalowano ołtarze. W 1934 roku, przeniesiono nowicjat do Pilicy i Kęt, a w nowo wybudowanym gmachu umieszczono Studium Filozoficzno-Teologiczne im. św. Bonawentury. W 1939 r. Przesunięto ołtarz główny do ściany prezbiterium, a w części klasztoru na piętrze wzniesiono nowy chór zakonny, zaprojektowany przez inż. arch. Tadeusza Maćkowiaka z Krakowa.
Wielka czcią okolicznej ludności, a zwłaszcza górników cieszy się obraz Matki Bożej Łaskawej w ołtarzu bocznym, malowany na kamiennej płycie. Uważany za laskami słynący jest również zabytkowy krucyfiks w kaplicy przy zakrystii. Autorem obrazów: św. Franciszka i św. Antoniego (w ołtarzach bocznych), św. Michała Archanioła (w zwieńczeniu ołtarza głównego), stacji drogi Krzyżowej oraz Ostatniej Wieczerzy (w refektarzu) jest Michał Stachowicz. W kościele znajdują się też nowsze obrazy, wykonane przez miejscowego art. malarza Stefana Chmiela.
Godzina Święta | 5.12.2024 | 23:00
I Niedziela Adwentu | 1.12.2024
Uroczystość Chrystusa Króla Wszechświata | 24.11.2024